Od roku 2015 věnuje Univerzita Karlova speciální manažerskou a finanční péči rozvoji vztahů s úzce vymezenou skupinou univerzit a institutů označovanou jako strategická partnerství.
Jednotllivé partnerské univerzity jsou rozděleny do skupin níže:
Podrobné informace k programu Strategických partnerství UK jsou k dispozici na rektorátních webových stránkách Centra strategických partnerství UK.